Oui, c'est comme ça que j'ai rajouté les 3 quarts de mes plug-ins, parce qu'ils n'étaient pas dans la liste. 
Pour en installer un, tu mets le .jar dans le dossier plugins du serveur depuis le FTP, tu redemarre le serveur, il va te créer un dossier du plug-in en question, et t'auras plus qu'à chercher les fichiers .yaml dans le dossier du plug-in.
Un petit exemple de mes lignes EssentialsProtect :
http://s4.noelshack.com/uploads/images/14047862953212_jkhkhjkh.jpg