Euh... Tu sais que c'est pas logique ? L'aventure principale est à chaque fois identique, il n'y a que des bonus qui ont été rajoutés.
MGS2 SoL -> MGS2 Substance : Le seul truc qui cahnge, c'est la vue avec les lunettes thermiques, tout le reste est pareil. Le reste après, ce sont des missions VR (comme il y en avait dans MGS1 et MGS Missions Spéciales) et une encyclopédie de MGS2.
MGS3 SE -> MGS3 Subsistence : On a abandonné la caméra inadaptée de MGS3 SE pour une caméra type Splinter Cell, qu'on retrouvera dans les opus suivants (Portable OPS, MGS4, Peace Walker). En bonus, MG1 et MG2 (les versions MSX sorties au Japon, traduites en français, de l'inédit !), un mode online (repris et amélioré par MGS4), des vidéos-gags.