A la fin, il s'agit bien de Hunter. Il a le même visage et répète la devise qu'il nous dit au début : "Si l'adversaire est hostile, tue-le."
Hunter pourrait en fait avoir toujours veillé sur nous. Quand Khan apparait, Artyom dit juste après qu'il se doutait que quelqu'un l'aidait. Peut-être était-ce en fait Hunter ? Vous avez entendu le moindre coup de feu durant l'attaque des bandits, hormis les vôtres et ceux des ennemis ? Non. Retrouvé des corps que vous n'aviez pas tués ? Non plus. Donc, cette aide ne serait peut-être pas "matérielle", pas de tir sur les ennemis.
Je viens de penser à un truc : si Hunter apparait comme par magie dans les hallucinations de Artyom, c'est qu'il a le même pouvoir que lui. Et si ce pouvoir émanait du médaillon que Hunter confie à Artyom au début ? Et s'il (Hunter) en avait un deuxième qu'il avait conservé durant tout le périple de Artyom ? Ca se tient, non ?
Hunter part pour Polis mais en fait il observe et aide Artyom. Peut-être que son but était d'atomiser les Sombres grâce à Artyom ? Que le boulot soit fait sans se mouiller et sans prendre de risques ? Connaissant Polis et son conseil ainsi que Melnik, il avait peut-être prévu que les choses finiraient comme ça ? Et il réapparait à la fin et aide une dernière fois Artyom en lui donnant une arme, sans explication, sans rien lui dire après. Il lui dit juste de descendre l'adversaire s'il est hostile.
Ce qui peut amener à une autre théorie, surtout si on a peut choisir la fin. Hunter a peut-être décidé de laisser le choix à Artyom. Soit tuer les Sombres, soit les sauver. L'adversaire serait alors la nature de l'Homme qui le pousse à se faire la guerre et le pistolet servirait donc, dans le cas de la bonne fin, à détruire le guidage laser des missiles. D'ailleurs, c'est sûrement à ça que fait allusion le Sombre qui nous poursuit au sommet de la tour :
"Il est venu pour nous détruire, il faut le détruire."
Le "il" est aussi le guidage laser. Les Sombres ne veulent pas la mort d'Artyom mais à ce moment, c'est le seul moyen qui leur reste pour empêcher leur destruction. Ce qui n'est pas très logique puisque si Artyom meurt, personne pourra détruire le laser vu qu'il est déjà installé et pointe sur le nid...