@ Kornux :
"Donc certain types seraient caché via le NMM/list loader ? Ensuite la list loader du .exe Skyrim et NMM n'est jamais la même >_< "
NMM ne gère que les mods dont tu peux trouver le "fichier maitre" dans le répertoire /Data (et seulement ici, pas dans un des sous-répertoires de /Data).
Parallèlement, tu peux très bien installer des mods plus ciblés manuellement, en copiant/collant directement les fichiers requis dans un des sous-repertoires de /Data : textures, meshes...
Ces mods fonctionneront très bien, mais ne seront pas gérés par NMM : tu ne peux pas les activer/désactiver avec cet outil, il te faut le faire manuellement.
Ensuite, le truc important (mais qui ne concerne que les mods maitres" gérés par NMM cette fois), c'est l'ordre dans lequel ces mods sont chargés lors de chaque lancement du jeu.
C'est à ça que sert la liste dans l'onglet "Plugins" de NMM, de même que la liste "Fichiers de données" du launcher officiel du jeu.
Que ce soit via le launcher ou via NMM, tu peux déplacer les fichiers de cette liste grâce à des petites fleches haut/bas, pour changer l'ordre dans lequel ils sont lancés.
Tout dépend des mods : il faut bien lire les descriptifs de chacun pour savoir si des conflits peuvent apparaitre selon l'ordre donné.
Par contre la liste du launcher, et la liste de NMM DOIVENT être les mêmes, sauf deux fichiers : Skyrim.esm, qui n'apparait que dans la liste de NMM (c'est le fichier maitre du jeu, donc forcément il est masqué dans le launcher officiel), et Update.esm, qui n'apparait pas non plus dans la liste du launcher du jeu si tu as la version Steam (puisque les mises à jour sont automatiques).
Si tu as téléchargé SKSE, c'est avec ce programme qu'il faut lancer le jeu, et non plus par le launcher officiel.
Je pige pas trop comment tes deux listes de load (NMM et launcher) peuvent être différentes... Une fausse manip qqpart sans doute.
Lance le launcher officiel du jeu, organise ta liste telle qu'elle doit être en fonction de l'ordre des différents mods (va voir sur Nexus pour chacun), puis ferme le launcher, lance NMM et vérifie que la liste est bien la même. Fais les changements si nécessaire, et lance directement le jeu depuis NMM (tu as un bouton de lancement en haut, qui te permet en plus de choisir de lancer via SKSE si tu as le programme).