Je vois bien un prologue se passant entre 6 mois et 2 ans, après les missions principales se derouleront ainsi :
Shepard a dispatché (avant le prologue que l'on fera avec Kelly ou un nouveau quartier-maître, pourquoi pas) les survivants de son équipe sur different monde clé pour en avertir le gouvernement, pour les coéquipiers on récupèrera soit le coéquipier, soit un membre d'une organisation pro-Shepard à chaque "mission".
Outre les évidences, Thane peut s'occuper de Kajé et rallier d'autres Drells. Jack peut avoir conservé des liens avec la pègre (même si c'est plus une pirate freelance) et servir d'intermédiaire avec Omega, si elle est morte, Aria peut fournir un intermédiaire butarien. Jacob et Miranda se chargent de la Terre. Ash/Kaiden s'occupent de la base Arcturus.
Quand à Zaeed et Kasumi, leur contrat est fini, mais on pourra sans doute les recruter dans des missions bonus, si on ne les a pas déjà recruté dans ME2, des dialogues faisant réference à ME2 seront absent de leurs options et leurs introductions à Shepard seront plus formelles.