Autre différence structurelle celle-ci, Civ4 est un jeu de Stratégie au tour par tour, AOE3 est un STR.
C´est à dire que pour l´un tu auras tout le temps d´établir une tactique de gérer tes villes, tes armées, tes ressources, etc... pour l´autre il faudra tout faire dans la foulée en subissant simmultanement les assauts enemis...
Pour le reste, comme l´a dit Get_Home, tu gères une civilization du début jusqu´à la victoire (ou à la défaite), ou plus implement, tu réécris l´histoire.