Si, tu peux, mais c´est un peu chiant :
tu lances ton scénario, de manière normale, dès le début, tu ouvres l´éditeur de monde, tu enregistres la carte avec un autre nom.
tu quittes.
ensuite tu lances une partie personnalisée, et tu coches les options qui t´interressent...
quand tu arrives sur ta map de départ, tu ouvres l´éditeur, et tu charges ta premère map... puis tu fermes l´éditeur...et tu fais Ctrl+S
bon, c´est là que c´est peut etre instable, chez moi, ça a planté Civ, j´ai fait un redémarrage et après c´est passé.
je te dis pas que ça va marcher tout seul, mais c´est la démarche à adoper, pour nous les non programmeurs, il faut bidouiller...