Il y a des constantes et des variables. Le baptême est une constante, son résultat une variable. Supprimer la constante élimine toutes les variables qui en découlent. Pas de Baptême, pas de Comstock.
Les Booker et les Elizabeth qui ont atteint la fin du jeu ont réussi à éliminer "leur" baptême. Néanmoins, de nombreux duos ont échoué. Que ce soit dans l'univers où Elizabeth vieillie et provoque la destruction de New York, ou encore celui où Booker ne parvient pas à rejoindre Elizabeth et meurt aux côtés de la Vox Populi.
Il reste donc forcément des Comstock en vie. Ce a quoi notre Elizabeth, devenue omnipotente, s’emploie à y mettre un terme. j'imagine que c'est ce qui explique son âge dans BaS. Il en faut du temps pour éliminer autant de vieillards...
Pour la batysphère j'avoue que c'est une bonne question 
Après, si le verrouillage génétique des batysphères n'est pas une constante (ce qui m'étonnerait, car sans verrouillage, la population de Rapture aurait fuit la ville), cet univers là peut ne pas en avoir et permet alors à Booker et Elizabeth d'utiliser l'appareil.
Pour revenir aux univers parallèles, il n'y a pas "que" deux univers de crées après le baptême, c'est juste que d'une constante en découle directement une variable (Booker/Comstock). Par la suite les univers ont fortement (ou pas) divergé. Cela peut aller de la mort de Booker avec la vox, ou de trois fleurs de plus dans un champ en Italie... ou encore une tête à la place d'un doigt (en fait, c'est l'intervention d'Elizabeth qui perturbe Comstock, qui lâche alors le nourrisson. On peut supposer qu'elle a tenté d'empêcher Comstock de la kidnapper dans cet univers, et qu'après son échec, n'a pu retrouver ce Comstock que bien plus tard à Rapture, en effet étant morte dans cette première dimension, impossible d'y retourner à moins de perdre ses pouvoirs...)
Après ce qui complexifie un poil la chose, c'est le sexe de Lutèce 
Des indices poussent à penser que Lutèce est un homme lorsque Booker n'est pas baptisé, et est une femme lorsque Booker devient Comstock. Cependant cela ramènerait la constante non pas au baptême mais encore plus en arrière, jusqu'à la naissance de Lutèce (à moins que la constante du baptême n'influe également sur son propre passé... mais la bonjour le mal de crâne
).
Néanmoins, c'est encore une piste à explorer, et le fait de pouvoir observer la statue de Lutèce se transformer au début de BI me pousse à la remettre en doute... bien que d'autres éléments amènent le contraire.
https://www.jeuxvideo.com/forums/1-16590-527132-1-0-1-0-des-questions-beaucoup-de-questions-bas.htm