J'ai fini la première partie, et je pense avoir une explication sur le pourquoi du comment.
Dans Bioshock Infinite, on visionne à la fin les souvenirs de Booker sur l'enlèvement de Anna (Elizabeth) par Comstock au travers de la faille. Il en résulte que Comstock réussit à enlever l'enfant, mais que celle-ci perd un bout de son petit doigt, et lui donne le pouvoir des failles.
A la fin de BI, plusieurs Elizabeth de différents mondes parallèles noient Booker pour qu'il ne devienne pas Comstock, et une fois fait, elles disparaissent, mis à part "notre" Elizabeth.
Se rendant compte qu'elle n'a pas disparu, il est probable qu'elle cherche une réponse sur le pourquoi du comment, et arrive sans doute à cette conclusion : tous les Comstock des différents mondes parallèles n'ont pas été éliminés. Elle entreprend donc de les tuer tous, ou tout du moins de les rendre moins puissants, en l'empêchant de l'enlever quand elle était petite, ce qui mettrait à mal sa prophétie et donc sa crédibilité, ainsi plus personne ne croirait en lui et tout le monde l'abandonnerait.
Ainsi donc, elle part dans une faille où à lieu son enlèvement, sauf qu'au lieu d'être du côté Booker de la faille, elle va du côté Comstock, pour tenter de le raisonner. Toutefois, son intervention a une conséquence dramatique : Anna meurt décapitée par la faille, au lieu de juste perdre un bout de son doigt.
Comstock, pris de remords, demande aux Lutèces de l'envoyer dans un autre monde où il pourra oublier ce qu'il vient de se passer. Les Lutèces l'envoient donc à Rapture, où le passage à travers la faille lui fait perdre une partie de la mémoire, et redevient ainsi Booker DeWitt.
Elizabeth quant à elle, devient plus froide suite à cet incident, et se sert de son pouvoir pour retrouver Comstock à Rapture afin de le tuer, et également de retrouver "Sally" (on ignore cependant les liens qu'elle a avec elle).
Elizabeth le retrouve, et l'engage pour retrouver la fillette. Début de la première partie.
Je pense qu'il faut également noter que ce Comstock est légèrement différent de celui de BI. Il n'a pas encore complètement tourné en fanatique religieux après des années de règne et d'oppression sur Columbia, il reste une parcelle de Booker en lui, et la mort d'Anna l'a réveillée. Ca se voit au fait qu'il se fait lui aussi marquer du "AD" sur la main droite (au tatouage, contrairement à notre Booker qui se l'est scarifié). Si le Comstock de BI avait vécu la même situation, mais 20 ans après (à l'époque du jeu donc, 1912), il n'aurait pas culpabilisé et se serait contenter d'un "Ouvrez une autre faille, on recommence !"
Voilà, c'était mon analyse sur Tombeau Sous-Marin - Partie 1. J'ai sans doute tort, mais je pense qu'il y a quand même une possibilité que ce soit ça.