Je pense que le BD, sic'est vraiment le premier créé au premier sens du terme, pourrait avoir été mis de côté volaontairent. Il y'a un enregistrement de souchong dans le jeu ou il dit qu'il ne peut pas laissé les LS errer toutes seules dans les rues de rapture, qu'il doit trouver un moyen pour les protéger.
C'est la qu'il crée le prototype. Il est dit clairement dans l'article de Gameinformer, que le BD qu'on incarne est moins puissant que les autres BD, en revanche il est plus "agile" et peut utiliser les plasmide.
si on se base sur le fait que c'est un renégat et un prototype, il ne devait pas obéir aux ordres donné et surtout à la mission qui lui était confié. Il avait encore sa liberté de réfléchir par lui même, et étant vraiment trés puissant grâce aux plasmides (dans l'article il est dit que la seule chose plus puissante que lui c'est la BS ) les scientifique décide de le désactiver ou de l'enfermer dans une partie de rapture.
De la, tout s'enchaine, tenembaum revient a rapture (on la voit communiqué par radio avec le BD donc elle est forcément dans rapture), la BS est trop forte pour elle, elle réactive le BD en lui promettant de le faire redevenir un homme normal.
ou bien le BD ne veut pas d'autre maitre que lui même et c'est pour ca qu'il se rebelle contre la BS.
Ou denrière hypothèse, la BS est la LS qui a été expérimenté en même temps que le BD et tout 2 se connaissent déjà.