J'ai visionné attentivement le trailer, et à l'aide des nouveau éléments donné par le site, je crois pouvoir donner une théorie assez plausible. Je me base cependant sur une hypothèse dès le début cependant:
Les développeurs ont choisit la bonne fin, ce qui implique la disparition des petite soeur et de Jack à Rapture, laissant celle-ci devenir se lieu dégradant décrit par le logo de Sea Of Dream.
https://www.jeuxvideo.com/screenshots/images/00021/00021677_002.htm
Rapture se serait donc transformé en sept ans, ressemblant un peu au bateau de daivy jones dans "pirates des caraïbes". Un lieu encore plus isolé qu'a l'arrivé de Jack. Un lieu en repos en quelque sorte.
Et bien imaginait qu'un être ayant toute sa tête (ayant toute sa tête pour un habitant de Rapture hein^^
), décide de prendre les commandes. Il n'y a plus Ryan, plus Fontaine, il peut donc facilement devenir le nouveau maitre de Rapture. Il redonne une vie à Rapture, il réveil Rapture.
-D'ou le papillon qu'on aperçoit sortir des coquillages à la fin du trailer. Pour Rapture, c'est une résurection.
Il décide de mettre la main sur l'Adam (que se soit à fin personnel ou non, on ne peut rien dire pour le moment), mais gros problème, les petites soeurs ne sont plus là.
Il va alors faire un choix, kidnapper des petites filles sur la terre ferme. En quelque sorte Rapture vient au monde. Il "envahit" le monde.
-D'ou les building qui émergent du sable dans le trailer. Ceux-ci montrent bien que Rapture "arrive" sur terre.
Voila en gros ma théorie 
On ne peut rien dire sur cette personne qui prendrait donc le contrôle de Rapture. Dite moi se que vous en pensez
Dans un second temps j'aimerais vous montrer des éléments très troublants dans le trailer...
-de la 39eme à la 44eme seconde, les buildings qui sortent du sable sont en ligne, et semble tous provenir d'un même point, la fille. Peut être qu'elle est la cause de cette venue de Rapture sur terre.
-à la 47eme seconde à peu pré, le vent projette des choses qui ressemblent à des feuille dans l'angle de la caméra. C'est peut être pour montrer le vent qui souffle, et donc le temps qui change pour Rapture
-et surtout, à la 53ème seconde, on voit clairement en bas à droite de l'angle de caméra, des jets de terres, comme si quelqu'un creusait. Quelqu'un essairaient peut être de creuser, pour trouver les buildings dans le sable, se qui renverrait à quelqu'un qui cherche à tout prix à mettre la main sur Rapture.
Pour ces trois derniers points, vous obsereverez que se sont de grosses interprétations avec le peu d'éléments que nous avons en notre possession. 
Pour le reste, c'est une réelle théorie qui me semble très possible.
wait and see