Elles on toutes (pour l'instant ) entre 5 et 8 ans, l'âge qu'avaient les petites sœurs pendant le 1 et il me semble que dans un enregistrement de tennenbaum elle dit que pour que la fusion avec la limace soit parfaite il faut des sujets jeunes.
Je pense donc que ces petites filles sont emmené a Rapture pour être transformées en petites sœurs
je pense évidemment comme toi 
d'ailleur je vais faire un copié collé d'une de mes théorie que j'ai posté hier
'ai visionné attentivement le trailer, et à l'aide des nouveau éléments donné par le site, je crois pouvoir donner une théorie assez plausible. Je me base cependant sur une hypothèse dès le début cependant:
Les développeurs ont choisit la bonne fin, ce qui implique la disparition des petite soeur et de Jack à Rapture, laissant celle-ci devenir se lieu dégradant décrit par le logo de Sea Of Dream.
https://www.jeuxvideo.com/screenshots/images/00021/00021677_002.htm
Rapture se serait donc transformé en sept ans, ressemblant un peu au bateau de daivy jones dans "pirates des caraïbes". Un lieu encore plus isolé qu'a l'arrivé de Jack. Un lieu en repos en quelque sorte.
Et bien imaginait qu'un être ayant toute sa tête (ayant toute sa tête pour un habitant de Rapture hein^^
), décide de prendre les commandes. Il n'y a plus Ryan, plus Fontaine, il peut donc facilement devenir le nouveau maitre de Rapture. Il redonne une vie à Rapture, il réveil Rapture.
-D'ou le papillon qu'on aperçoit sortir des coquillages à la fin du trailer. Pour Rapture, c'est une résurection.
Il décide de mettre la main sur l'Adam (que se soit à fin personnel ou non, on ne peut rien dire pour le moment), mais gros problème, les petites soeurs ne sont plus là.
Il va alors faire un choix, kidnapper des petites filles sur la terre ferme. En quelque sorte Rapture vient au monde. Il "envahit" le monde.
-D'ou les building qui émergent du sable dans le trailer. Ceux-ci montrent bien que Rapture "arrive" sur terre.