Non, les protections on les achète comme FFXII, dès que tu tombes sur mieux tu changes.
Pour les runes, soit on les trouve dans des coffres ou on les gagne dans des combats, tu les achètes au magasin de rune ou tu rassembles des pièces pour former une rune, généralement il faut 4 pièce du même type pour créer une rune, dans le menu objet, il faut trier les objets en ta possession pour rassembler les pièces, dans le magasin de runes tu les changes en rune.
POur les capacités, bah tu as plusieurs capacités, t'es libre de choisir celle que tu veux, mais personnellement je me contente de les laisser telles qu'elles et de les améliorer avec les points des PC, les carrés, changent de couleurs de temps en temps suite à des améliorations.