L'histoire globale au sein d'Assassin's Creed se déroule en Septembre 2012, où un barman nommé Desmond Miles a été enlevé avant le début du jeu, et est présenté à Abstergo Industries. Société pharmaceutique, Abstergo sert en réalité de couverture à l’organisation des Néo-Templiers, qui tiennent entre leurs mains les rennes du monde depuis des siècle. Abstergo est une locution latine qui se traduit par « laver, effacer, purifier ». Une expression qui sous-entend leur volonté de laver les péchés du monde et de bâtir un Ordre Nouveau. Pour parvenir à cette fin, les Néo-Templiers tentent d’obtenir le contrôle total de l’humanité en utilisant de mystérieuses reliques qu’ils nomment fragments d’Eden, ou Orbes d'Eden. Ces artefacts, dotés de grands pouvoirs et au nombre de quarante, sont issus de toutes les civilisations.
Le projet Animus, le seul dont nous connaissons l'existence parmis d'autres, est celui où va coopérer Desmond. L'Animus est capable de lire les souvenirs des ancêtres de l'utilisateur qui ont été stockées dans l'ADN, permettant à l'utilisateur de revivres ces souvenirs, comme s'il y était lui-même. Desmond a été «choisi» pour le projet en raison de sa relation à son ancêtre Altaïr, un membre des Assassins au cours de la troisième croisade en Terre Sainte. Les chercheurs ont exprimé un intérêt dans la compréhension du travail des Assassins et l'examen d'une mémoire spécifique. Bien qu'initialement le subconscient de Desmond rejette le traitement de l'Animus qui tente de pénétrer dans son dernier souvenir, ils finissent par y arriver par le biais d'autres souvenirs.
Les souvenirs d'Altaïr, donc les expériences de Desmond, commencent en l'an 1191 : Richard Cœur de Lion vient de reprendre la ville portuaire d'Acre occupée par les musulmans. Avec une base d'opérations mise en place, les Croisés se préparent à marcher vers le sud. Leur vraie cible : Jérusalem - qu'ils ont l'intention de reprendre pour le compte du christianisme. Cependant, Saladin, chef de l'armée islamique, dirige actuellement la ville. Humilié par la défaite de son armée à Acre, il ne permettra pas à Richard de l'humilier de nouveau. Les forces musulmanes sont massées dans les ruines d'Arsuf, avec l'intention de tendre une embuscade aux Croisés et les empêcher d'atteindre Jérusalem. Ces manoeuvres de guerre ont laissé le reste du Royaume (La Terre Sainte) quasiment sans défense. Tandis que Richard et Saladin luttent l'un contre l'autre, les hommes qui gouvernent à leur place ont commencé à tirer profit de leurs positions. L'exploitation, la manipulation, la provocation sont de règles.
Le premier souvenir de Desmond est le prémice de la chute d'Altaïr. Envoyé récupérer un artefact (L'arche de l'Alliance), il enfreint le crédo des Assassins à plusieurs reprises. Mais les Templiers sont déjà là et Robert De Sablé également, l'ennemi juré des Assassins. Altaïr s'élance vers lui pour le tuer mais Malik l'en empêche. Altaïr est alors jeté hors du combat et ne peut intervenir, ce qui entraîne la mort du frère de Malik et la perte du bras de ce dernier, ainsi que la perte de l'Arche. En conséquences de ses actes et de ses infractions au crédo des Assassins, Al Mualim rétrograde Altaïr au rang de novice (le plus bas rang des Assassins).
Mais Al Mualim lui offre l'occasion de se racheter. Altaïr doit traverser la Terre Sainte et assassiner neuf hommes qui profitent du désordre créé par la Troisième Croisade, en essayant d'empirer les choses. En faisant cela, il stabiliserait les choses et autoriserait Al Mualim à instaurer un "âge de paix".
Cependant au fil du temps, Altaïr découvre que ses cibles sont liés par plus qu'un simple attrait pour le gain personnel, mais sont en fait tous des Templiers, avec l'envie d'unir l'espèce humaine par un but commun, et par n'importe quel moyen. Desmond apprend ensuite en lisant les e-mails de ses deux gardiens que l'Entreprise Abstergo est dirigée par les Templiers modernes (Illuminatis), qui cherchent à découvrir l'emplacement de plusieurs artefacts dans le but de continuer l'action commencée par les Templiers au temps d'Altaïr. Desmond comprend qu'il a été kidnappé par la compagnie parce qu'ils veulent apprendre par le biais de la mémoires d'Altaïr où l'artefact que possédait Robert de Sablé est enterré. Les survivants de la Guilde des Assassins modernes échouent dans leur tentative de sauver Desmond avant que leurs ennemis n'accèdent à l'information qu'ils recherchent.
En 1191 les Templiers utilisent les meurtres des Assassins pour unir les Croisés et les Musulmans contre eux. En faisant ainsi, Saladin et Richard travailleraient ensemble pour détruire les Assassins qu'ils croient leurs ennemis communs. Pour sauver sa vie Altaïr pourchasse Robert de Sablé, parti informer son roi de la menace des Assassins. Altaïr raconte ce qu'il sait à Richard, et celui ci en face de deux histoires différentes, choisit de s'en remettre à Dieu dans une olardie. Altaïr vainc les Hommes de Robert De Sablé et ce dernier révèle dans son dernier souffle que le maître d'Altaïr est aussi un membre des Templiers, et est maintenant l'unique possesseur de l'artefact, l"Orbe d'Eden", capable d'altérer la vue des hommes et donc susceptible d'être utilisé pour des hypnoses de masses. Altaïr va affronter son maître, qui essaie d'utiliser l'Orbe d'Eden contre lui, mais échoue et est assassiné par son élève. Cependant, quand Altaïr récupère l'Orbe d'Eden, un mécanisme qui se trouvait sur l'artefact révèle les emplacements de tous les autres artefacts du monde sur une carte holographique. Desmond se réveille alors de l'Animus pour apprendre qu'Abstergo désirait juste cette carte, et qu'ils viennent d'envoyer des équipes de récupération aux lieux encore accessibles. Desmond, n'ayant donc plus aucune utilité pour l'entreprise, est condamné à mort par le chef de projet, cependant Lucy le fait sauver. A la fin du jeu Desmond se synchronise avec Altaïr hors de l'Animus (ils l'appellent le Bleeding Effect), et voit des messages écrits sur les murs et le sol qu'il est le seul à pouvoir voir, prédisant la fin du monde vue par plusieurs religions, au milieu d'autres inscriptions.
Plus :
On apprend plus tard qu'Abstergo tente d'accéder à un autre "Orbe d'Eden", afin qu'ils l'utilisent contre l'humanité. Ils ont l'intention de le lancer à l'intérieur d'un satellite en orbite, qui sera lancé le 21 Décembre 2012.
Dans la conclusion du jeu, Desmond, devenu «synchronisé» avec Altaïr, et en utilisant la vision d'aigle, est capable de voir les messages griffonnés à travers les planchers et les murs, soi-disant écrits avec du sang. Il est le seul à pouvoir y voir, ce sont des signes et symboles qui font référence à la fin du monde décrit par plusieurs religions et d'autres écrits. Ces écrits font référence à ce passage biblique Révélations 22:13 ( "Je suis l'Alpha et l'Oméga, le Premier et le Dernier, le commencement et la fin."), Un attracteur de Lorenz, l'Œil de la Providence, le mot Al-Zalzalah
(الزلزلة
) qui est l'arabe pour le tremblement de terre qui symbolise la fin du monde, et d'autres écrits en langues étrangères. En outre, il y a la date maya de 13.0.0.0 - Décembre 21, 2012 - qui est aussi la date prévue, sur le calendrier maya, pour la fin de cet âge du monde. L'e-mail mystérieux (intitulé "I Know") a été envoyée à 13:00 (1:00 pm), bien que ce soit une coïncidence ou non, il n'est pas très clair.
Le point de l'histoire - en dessous de tous - est que les "promesses de paradis", Altaïr en parle quand il retourne à Masyaf après avoir assassiné Garnier de Naplouse, sont utilisés pour donner aux gens qui ont tout perdu (et sont misérables) l'espoir d'un lendemain meilleur. Non pas tant que le christianisme ou l'islam sont "un mensonge", mais qu'ils sont utilisés pour manipuler les gens.
Altaïr est «le prince de l'air» - le favori déchu du Maître. Il est aussi le bouc émissaire, et un peu le Jésus jeté pour faire bonne mesure. Regardez où Al Mualim le poignarde quand il le tue au début - dans la côte (Spear of Destiny / Longin). Altaïr est réincarné - tant au sein de l'histoire que dans la mémoire génétique de Desmond (si bien que Desmond acquiert la vision d'aigle). Réécouter les discours des despotes: "Le Diable est partout ... il regarde ... il patiente." N'est-ce pas ce que notre garçon est train de faire? "C'est un honneur de mourir au service de Dieu, se battre pour ce que nous croyons être juste." À la fin, Al Mualim est le "One and Only" (Ahad) - il a utilisé Altaïr au niveau de la concurrence comme son «bras armé»... Le guerrier, qu'il a créé et entretenu dans la maturité. À certains égards, Altaïr est le seul espoir pour sauver l'humanité de la "Night of the Living Dead" effet de l'Oeuvre de l'Eden.
Le nom, Yonaguni (Bien que dans le jeu écrites Yona Gani), est écrit sur le sol dans un rouge sang, dans la chambre, lors de la visualisation à travers la vision d'aigle. Il s'agit d'une référence à une île japonaise mythique avec une histoire assez semblable à celle de l'Atlantide, étant le lieu de repos d'une ancienne civilisation qui était beaucoup plus avancée que notre civilisation moderne. Potentiellement, ce qui explique les origines de certains, sinon la totalité, des trésors des Templiers.
Un des trésors du Temple est susceptible de modifier continuum espace-temps, Nommée "expérience de Philadelphie, où un navire a été supprimé de l'espace-temps normal pendant 18 minutes. Bien que la recherche d'Abstergo sur cet artefact s'arrête, craignant des conséquences paradoxales, il est probable que nous en entendions parler de nouveau.
L'un de ces sujets a été évoqué dans un courrier électronique. Il aurait eu un ancêtre dans l'Extrême-Orient. Cette personne est peut-être liée à "Yona Guni" écrit sur le sol mentionné ci-dessus. Enfin , nous avons découvert qu'un sujet resté trop longtemps dans l'Animus pourrait ne plus faire la distinction entre la mémoire de son ancêtre et la sienne. Ce qui aurait entraîné le sang dans toutes les salles et le fait que Desmond ait la vision d'aigle
Il y a trois images d'animaux : un oiseau-mouche, une araignée et un singe. Toutes les trois images sont des dessins des lignes de Nazca (une série de lignes au Pérou qui, vu de dessus, révèlent des animaux géants). Ces trois dessins pourraient signifier qu'il existe un autre artefact se trouvant quelque part à proximité, ou ils pourraient être des indices d'un mystère plus profond. Il est également possible qu'ils se réfèrent aux noms des Assassins, Altaïr se réfèrant à un aigle.
Il y a un œil d'Horus à l'un des coins, en plus de trois triangles, deux grands et un petit, ressemblant à des pyramides de Gizeh, en indiquant éventuellement une suite dans l'Egypte ancienne.
Sur la carte les pièces de projets Eden et la fin du jeu qui montrent l'emplacement des autres artefacts, l'un d'eux est situé dans le centre de l'Italie. Il pourrait être possible que cet artefact sera dans Assassin's Creed 2, se passant à cet endroit-même.
mes javous en me relisant je suis un peut 
ça renforce encore plus l'image du méchant vilain boss qui voulai controler le monde. Qu'es-ce que vous en pensez ?