hypotheses débiles, je vous prévient:
Peut etre qu´au départ desmond milles n´était pas au départ assassin, mais le fait de revivre le passé de son ancestre par son animus, lui a fait ressortir un atavisme:
http://fr.wikipedia.org/wiki/Atavisme
Ainsi il serait devenue assassin, et c´est peut etre ce que voulait l´organisation.
Je sais c´est débile, mais bon.