Les drapeaux il suffit de "marcher dessus" pour les prendre, et tu les trouvent generalement sur les toits, des mezzannines et au sol dans des impasses.
Pour savoir à combien tu en es tu met pause, tu vas dans "autres sequences" ou "sequences secondaires" je sais plus le titre exact, et tu appuies sur RT et LT pour faire defiler les differentes seque,ces secondaires (drapeaux, templiers etc...)
Et oui tu pourras revenir à Massyaf plus tard dans le jeu.