Perso quand on écoute bien toute l´histoire je pencherai pour le fait qu´il ne croit en aucun dieu.
Déja quand il s´adresse a ses victimes avant qu´il ne meurt il dis toujours "TON" dieu, que ce soit envers les catholique ou les musulmans. Ce qui tente a démontrer qu´il n´est pas croyant.
Ensuite quand on écoute les discours de son maître, ses paroles ne font fois d´aucune religion mais parle seulement de l´homme. Hors étant son guide spirituel cela renforce le fait que pour eux dieu n´existe pas.
Et enfin le maître ayant fait parti des templiers et eux aussi ne croient pas en dieu (la encore faut bien écouter les diverses cibles que l´on élimine).
Voila mon avis de toute facon l´histoire n´est pas orienté vers la religion mais vers l´homme et son devenir. Normal que la religion soit trés présente pendant une croisade lol, mais quand on revien sur Desmond a aucun moment ils n´en parle.