Je crois avoir compris d'où vient le vaisseau et à qui il appartient. Pour comprendre, inspectons la fin du jeu.
Samus atterrit sur Phaaze et se fait corrompre par le phazon aussitôt. Puis il tue Dark Samus et l'Aurora Unit. La planète explose. Rappelons-nous aussi que le phazon peut infecter les formes de vie tout comme les machines (comme quand les Ings infectent Quadraxis ou encore quand Dark Samus infecte Ghor).
Alors, Phaaze aurait pu infecter le vaisseau de Samus et l'aurait «copié» (comme le Metroid Prime a copié la Combinaison de phazon pour survivre dans le 1). Quand tout aurait explosé, il serait parti avec et passé par le portail qu'avait produit le Vaisseau Léviathan.
Selon moi, c'est la solution la plus logique, mais il rest des points à éclaircir... dans un nouveau Metroid, qui sait ?