Brawl introduit un mode aventure nommé L'Émissaire subspatial, qui, jouable à un ou deux joueurs, réutilise le principe de jeu entrecoupé de cinématiques pour mettre en scène une histoire.
Contrairement au reste du jeu, le mode aventure utilise un système d'équipe, dans laquelle il est possible de choisir directement les personnages que l'on désire incarner. Le joueur commence avec un choix restreint de personnages et avec l'avancement de l'histoire des changement s'opèrent : certains personnages se joignent à l'équipe, d'autres la quitte, temporairement deux équipes sont fusionnées, ou un personnage particulier est mis en avant.
L'histoire met en scène une armée dirigée par un personnage nommé l'Ancien Ministre. Les primides, des créatures composant la force principale de l'armée du Ministre sont déversées sur l'arène. Leur objectif est de scinder le monde en deux. À cette fin, ils utilisent des objets nommés Bombes subspatiales, qui sont activées par des R.O.B (Robotic Operating Buddy, ou Unité Robotique Associé en français). Quand la bombe explose, une partie du monde se détache et est transportée dans l'univers subspatial. pour chaque niveau, la réserve de vie est déterminée. En mode un joueur, à chaque fois que le joueur perd une vie, il revient sous la forme d’un autre personnage de son équipe et il incarne ce nouveau personnage jusqu’à ce qu'il n’aie plus de vies disponibles (il faut choisir l’ordre d’apparition des membres de l'équipe au début de chaque niveau). En mode deux joueurs, quand le joueur principal (celui que la caméra suit) ou le joueur secondaire perd une vie, ce joueur reviendra sous la forme d’un autre membre de l’équipe jusqu’à ce que la réserve de vies soit épuisée. Cependant, si le joueur principal perd une vie et que la réserve de vies est épuisée, c’est terminé car le joueur secondaire ne participe qu’à titre de joueur optionnel. Pour que le joueur secondaire puisse bien suivre le joueur principal, il lui suffit de faire un saut pour qu'il se téléporte vers le joueur principal. Le joueur pourra obtenir un socle à trophée en tant qu'objet et s'il le lance sur un adversaire affaibli, il peut l'obtenir en tant que trophée. Après avoir terminé le mode aventure, le joueur pourra combattre les boss d'autres fois pour pouvoir les obtenir en tant que trophée, faire des records de vitesse, etc. Il est également possible d'avoir des bonus pour combattre les adversaires plus facilement. Pour avoir les bonus, il suffit de choisir l'option autocollant sur l'écran de la carte, de choisir des autocollants déjà obtenus et de les coller sur une surface qui correspond au dessous d'un socle d'un trophée. En général, les autocollants plus gros sont meilleurs que les petits car ils donnent plus de bonus. Il n'est pas possible de coller un autocollant par dessus un autre et si un autocollant déjà collé est décollé, il sera perdu. C'est inutile de coller deux autocollants qui offrent le même type de bonus car seulement le meilleur bonus est utilisé. Si le joueur est "Game Over", il perdra la moitié des autocollants ramassés. il est plus long que celui de Melee. Voici une partie des ennemis que le joueur peut rencontrer dans le mode aventure : l'Aurobos qui est un oiseau qui effectue des plongeons depuis le ciel, les Bytan qui sont de petites boules qui se multiplient rapidement, le Greap qui est un personnage gigantesque qui attaque le joueur avec ses 2 faucilles, les Poppant qui sont remplis de paquets cadeaux et de sucreries, les Roader qui ressemblent à des monocycles motorisés rapides et puissants qui se déplacent en groupe, les R.O.B. identiques au personnage jouable du même nom, le Shaydas qui est presque invisible car brumeux et le Trowlon qui attaque le personnage avec ses bras-chocs et s’envole avec lui
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