Lorsque Atlas nous révèle sa véritable identité, il envoie des robots pour nous tuer. Mais à quoi bon essayer de nous tuer? Plus tard dans le jeu, il m´a dit : Nous aurions pu régner sur Rapture tous les deux !
Vous ne trouvez pas ça bizarre vous aussi?

C´est un psychopathe mégalomane. (tout comme Ryan, mais d´un genre différent)
Prenant ça en compte, c´est plus aisé à expliquer :
-Il s´est servi de nous, son rêve c´est quand même d´être le maître absolu de Rapture, donc il tente de nous buter.
-Mais au fil du temps, il se rend compte que l´on déjoue ses pièges (quand on gagne notre "indépendance" notamment), et donc il tente de se rattraper, car un pouvoir partagé vaut quand même mieux que pas de pouvoir du tout.
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C´est en buvant une goutte d´eau que l´on se rend compte de sa soif.