"Faut pas trop chercher une logique irréprochable dans un scénario de jeu ou de film"
Bien d'accord.
Cependant, j'apporte mon modeste point de vue sur la question qui semble tant préoccuper. 
Je rappelle que le SSC est une force de police qui officie dans La Citadelle,... mais aussi hors de celle-ci.
Il y a également en permanence des vaisseaux qui protègent La Citadelle. Pas toute la flotte que l'on voit à la fin, mais un certain nombre quand même, dont le cuirassé asari.
Dans les univers de science-fiction, ce sont généralement les forces spatiales qui contrôlent les marchandises, en les scannant à distance.
Même si Saren est un Spectre, je doute qu'une armée de geths, aussi petite soit-elle, passe inaperçue. D'autant que la nature spécifique des geths doit faciliter la détection. ^^
Voilà tout l'intérêt du Canal : attaquer la citée sans être détectable avant le moment-même de l'assaut. Ce qui est un avantage tactique certain, et ce qui évite surtout de prendre le risque que la Citadelle soit sur la défensive.