OAV 1 - Celui Qui Apporte La Mort : Kogoro Katsura, chef du clan des Ishin Shishi, cherche à instaurer une nouvelle ère de paix dans le Japon du XIXe siècle. Avec l´aide de Hitokiri Battosai, ils mènent une lutte clandestine pour déstabiliser le gouvernement du Shogun Tokugawa. Lors d´une mission d´assassinat, Kenshin est blessé au visage, laissant une plaie qui ne cicatrise pas.
OAV 2 - Un Chat Egaré : A son retour de mission, Kenshin est victime d´une ambuscade préparée par un autre assassin. A l´issue du combat, il fait la rencontre d´une étrange jeune femme sans foyer du nom de Tomoe Yukishiro. Avec hésitation, Kenshin décide de la recueillir dans le repère de Katsura qui voit en elle un moyen de garder Battosai sous contrôle...
OAV 3 - Une Nuit Sur La Montagne : Suite à la violente confrontation entre le Shinsen Gumi et les Ishin Shishi, Katsura se voit contraint de se dissimuler pendant quelques temps et demande à Kenshin accompagné de Tomoe d´aller se réfugier à Ootsu afin d´égarer les soupçons.
OAV 4 - Cicatrices : Le séjour passé à Ootsu en compagnie de Tomoe a fait prendre conscience à Kenshin de ce que pouvait être le bonheur, ce dont il ne pensait pas pouvoir aspirer un jour compte tenu de sa condition d´assassin. On lui révèlera par la suite qu´elle serait une espionne à la solde de l´empereur. Mentalement affaibli, il part exécuter sa nouvelle mission: la tuer...