Notre héros, accompagné de sa charmante espionne, atterrit en Alaska et se repose dans un petit chalet. Épuisés, Snake et Eva goûtent aux plaisirs charnels. À l?aurore, notre serpent se réveille?seul. Il découvre un microfilm laissé par EVA. Dans cette bande audio, on apprend qu?EVA ne travaillait pas, comme prévu, avec Snake au début de la mission « Snake Eater » et qu?elle avait pris la place d?Adam qui ne s?était pas présenté. Elle continue en avouant à notre héros qu?elle a aussi volé les données nucléaires du Shagohod pour que la Chine puisse développer son propre missile atomique.
En plus d?être une espionne pour la Chine, elle est aussi une agente travaillant pour les philosophes et seul The Boss était au courant. Elle termine en disant qu?elle devait le tuer mais qu?elle était en fait tombée amoureuse de lui et qu?elle n?a pas pu.
Quelques jours plus tard, Snake (de son vrai nom John) reçoit officiellement le titre de Big Boss à la demande même du Président.Il refuse cependant de donner la main au directeur de la CIA. En fait, The Boss n?était pas une traîtresse mais bien une vraie héroïne. Sa mission, donnée directement du gouvernement américain, consistait à infiltrer les troupes de Volgin, lui voler l?héritage des philosophes et détruire le Shagohod mais le chef du GRU a contrecarré sa mission en tirant une tête nucléaire en Russie. Elle savait à ce moment-là qu?elle devait mourir. Elle a accepté son sort pour son pays en acceptant même qu?on salisse son honneur (elle est reconnue comme la pire traîtresse de l?histoire) pour les Etats-Unis?