Je trouve moi aussi le son de la console plutôt faible, mais en écoute "haut parleur" uniquement. Hier j'y ai joué au taff, le son au 3/4, des gens parlaient dans la pièce d'à côté et j'avais l'impression de ne rien entendre.
Sinon au niveau du casque, j'ai un sennheiser HD 25-1, je n'ai pas trouvé le son trop faible, mais je n'ai pu tester ça que chez moi au calme sans personnes autour (et aussi le sennheiser es assez réputé pour être isolant comme il faut).
Je suis moi aussi un audiophile, et le fait que la 3DS ne lise pas le .flac ne me choque pas du tout… après tout l'iphone ne le fait pas non plus, ni même l'ipod. Je pense que tout amateur de son se dirigera naturellement vers d'autres baladeurs (cowon pour n'en citer qu'un) afin de trouver son bonheur. La 3DS après tout n'a jamais prétendu être une console multimédia.