Comme déjà dit dans un autre post, pour les particules, je sais même pas si ça vaut le coup de se prendre la tête. C'est plus une question de feeling que des réelles règles de grammaire immuables. Et je pense que la plupart des apprenants du japonais mettent vraiment longtemps avant de ne plus faire du tout de fautes en les utilisant.
Pour en revenir aux compteurs. Si quelqu'un dit "Ramen wo nihon kudasai" ça veut dire "deux "nouilles" de ramen s'il vous plait", genre c'est comme si au restaurant italien quelqu'un commandait "2 spaghettis" 
Pour les "bol de nouilles" en général, c'est soit "Tama" soit "Hai (ippai, nihai, etc). Mais dans les faits personne n'utilise ce compteur et tout le monde dit "Hitotsu, Futatsu, Mittsu, etc."