Tout dépend du type d'application que tu désire développer.
Mais en tant que programmeur,Windows est très difficile à battre tant sur le plan de la documentation,des outils mises à disposition ainsi que du confort d'utilisation.
Si tu désire développer des applications C++/.NET,un EDI comme visual studio 2011 est un luxe que bien des programmeurs ont du mal à se défaire.Disposant d'un des débogueurs les plus puissants sur le marché,il convient aussi bien au débutant qu'au professionnel.
J'ai chercher bien longtemps des outils aussi puissant,mais sans grand succès.Lorsque je dois développer en java,même Eclipse,qui est un bon IDE,fait pâle figure à côté de lui et je regrette vite mon C++/.NET.^^
Outre ce confort d'utilisation hors norme,c'est également sous Windows que l'on retrouve la meilleur documentation en ce qui concerne les variables d'environnement ainsi que des fonctions systèmes disponibles qui te permettront d’interagir avec le système d'exploitation.