Euh, à moins qu'il se foute en RAM, je doute fort qu'un virus résiste à un formatage total et complet du disque dur, surtout si un autre système de fichier est utilisé (par exemple un système de fichier Unix type ext3), mais rectifiez moi si c'est faux.
En tout cas, pour récupérer tes données et les désinfecter, tu peux utiliser un Live CD Linux en mode Live et utiliser un antivirus depuis Linux qui te désinfectera tes partitions windows.
Y'a même des CD spécialement prévus pour cela, tu peux les tester et voir si ton problème est résolu :
http://www.free-av.com/fr/outils/12/avira_antivir_rescue_system.html