oui ca passera normalement. Il faut pas oublier que la norme ATX par exemple est définie par un cahier des charges qui prend en compte cette interrogation que tu as. Il est bien evident que les constructeur suivant ce cahier des charges ont prevu qu´une carte video NE DOIT PAS depasser de la CM. Si chaque constructeur fais à sa sauce ca marcherait jamais. Les codes de couleur des connecteurs de la carte mere sont justement colorés car la norme dit que ca doit etre comme ca. Je serais etonné que ta CV ne rentre pas dans ta tour.
Prenons n´importe quel exemple de toutes facons tout ca est normalisé! sache aussi que quand un nouveau materiel est mis au monde, il est testé, mené à bout, essayé sur des dizaines de becanes avant de lancer la mise en vente. donc aucun risque pour ta carte.
Rassure toi ton port AGP acceptera ta carte graphique sans probleme reste le pb de la surchauffe car tu as selon ta config un processeur, une carte video, de la ram et une carte mere dans un perimetre de 20 - 30 cm² donc t risques de freezer de pc de temps en temps, de reduire la duree de vie de ton materiel de plus si tu veux mon avis ca vaut pas le le coup de faire l´impasse sur une tour toute neuve à moins de 50 euros...