En plus d'offrir une réalisation graphique à mille lieues de l'originale, ces versions Super Famicom améliorent nettement le confort de jeu en rendant l'interface beaucoup plus ergonomique.

Les contrôles sont simplifiés, certaines actions basiques étant maintenant automatisées, comme le fait de parler directement à la personne située en face de soi ou le fait d'emprunter un escalier lorsqu'on passe dessus. Dans le même ordre d'idées, la présence d'un menu dédié à l'équipement évite désormais que les armes et armures soient écrasées à chaque changement, comme c'était le cas sur Famicom.

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Autre évolution significative pour les joueurs japonais, les textes n'affichent plus seulement des katakanas mais aussi des hiraganas et des kanjis, ce qui facilite considérablement la lecture. Côté sonore, les capacités de la console font enfin honneur aux mélodies inspirées de Kôichi Sugiyama qui a d'ailleurs entièrement retravaillé ses compositions pour l'occasion. Sur le plan pratique, il n'est plus question de recourir à des mots de passe à rallonge, les sauvegardes (déjà introduites sur les versions NES américaines) étant désormais autorisées, avec la possibilité de créer trois fichiers distincts.

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Dans le deuxième épisode notamment, la fenêtre se trouve élargie dans toute la longueur pour permettre d'afficher l'ensemble des ennemis sans passer par un horrible fond noir, comme c'était le cas sur la version originale. Toujours dans Dragon Quest II, version remix, une carte du monde peut être découverte dans un donjon, ce qui permet ensuite de la consulter n'importe quand pour se repérer beaucoup plus facilement que sur la version Famicom. Enfin, le remake du deuxième volet bénéficie d'une nouvelle introduction présentant l'attaque du château de Moonbrook au tout début du jeu, celle-là même qui avait été rajoutée sur la version NES américaine.

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D'une manière générale, la plupart des objets que l'on peut trouver ou acheter ont subi quelques modifications, et les remakes se révèlent beaucoup plus généreux en ce qui concerne les gains d'or et d'XP, les dégâts infligés ou encore les prix des articles dans les magasins. Les fameuses graines boostant les stats des personnages font d'ailleurs leur première apparition à cette occasion. On sent qu'Enix a cherché à rendre la progression moins laborieuse, afin d'accentuer au maximum le plaisir de la découverte pour les joueurs n'ayant pas touché aux versions Famicom, même si la difficulté reste bel et bien au rendez-vous.