Si l'on ne peut pas considérer la Master Quest d'Ocarina of Time comme correspondant à elle seule au mystérieux Ura Zelda évoqué dans la partie précédente, on y trouve néanmoins des traces évidentes, de la même façon qu'il en existe également dans Majora's Mask. Concrètement, la Master Quest est une aventure alternative de Zelda : Ocarina of Time. Le moteur du jeu et le déroulement de l'histoire sont les mêmes, mais les donjons eux sont différents. D'une manière générale, toutes les salles ont été remaniées et le niveau de difficulté se révèle bien plus élevé que sur l'original puisque les ennemis qui défendent ces pièces sont plus nombreux et répartis différemment. Si l'emplacement des salles est le même, leur contenu diffère considérablement : la récupération des objets ne se fait pas dans le même ordre ni de la même façon, les énigmes sont nettement plus corsées, la position et la nature des ennemis rendent ces derniers plus difficiles à battre et l'emplacement des Skulltulas d'or a été modifié. D'aucuns se sont plaints des nouvelles énigmes intervenant dans la Master Quest, pas toujours très logiques et souvent assez prises de tête, cette quête ultime étant plus que jamais à réserver aux fans avertis.
A l'heure où nous écrivons ces lignes, on ne peut se procurer la Master Quest que de deux façons. La première est de mettre la main sur l'édition spéciale de Zelda : The Wind Waker sur GameCube qui était réservée aux pré-commandes et qui inclut d'emblée la Master Quest en bonus. La seconde est de terminer la version 3DS d'Ocarina of Time pour débloquer la Master Quest sur la portable de Nintendo. A noter que ces deux versions ne sont pas identiques puisque, sur 3DS, toutes les maps du jeu ont été inversées, ce qui fait que les donjons sont en quelque sorte les versions miroirs de ceux du titre original, tout comme les environnements extérieurs. Par conséquent, Link n'est plus gaucher mais droitier. Cela n'est pas sans rappeler les deux versions « miroir » de Zelda : Twilight Princess sur GameCube et Wii...
