Après le combat contre Ganon, le héros de Wind Waker et Tetra/Zelda voguent vers de nouvelles aventures à la recherche d'un nouveau Hyrule. C'est ainsi qu'on le retrouve au début de Phantom Hourglass, en plein voyage vers l'inconnu. Leur route croise celle d'un vaisseau fantôme. En l'explorant, Zelda disparaîtra et le héros sera bien obligé de partir à sa rescousse, aidé par Linebeck, un marin peureux et cupide.

Nintendo a annoncé que l'épisode suivant, toujours sur DS, Spirit Tracks se place 100 ans après les événements de Phantom Hourglass. On peut donc imaginer qu'une fois les choses rentrées dans l'ordre, les deux jeunes espoirs du royaume reprennent leur route et trouvent enfin leur terre promise. Ils s'établissent alors dans leur nouvel Hyrule et fondent leur royaume grâce aux anciennes voies ferrées du nouveau pays. Quelques générations plus tard, un ministre de la nouvelle princesse tentera de ressusciter un être maléfique prisonnier sous ces mêmes voies ferrées, apparemment sacrées. Pour cela, il a besoin du corps de la princesse. Heureusement, un jeune conducteur de locomotive guidé par Papy Nico (déjà présent dans les deux jeux précédents) montera au créneau pour s'opposer au ministre dissident. Aidé par l'esprit de la princesse, le nouveau héros parviendra à arrêter la menace et à remettre de l'ordre dans le royaume. Jusqu'à la prochaine fois, bien sûr !