C'est d'ailleurs entre les développements de Goldeneye et de Perfect Dark que Rareware connut plusieurs départs au sein de ses équipes. Celui de Martin Hollins tout d'abord, chef de programmation qui rejoignit Nintendo of America pour travailler sur le projet Dolphin et ce qui allait donner la Gamecube. Quelques années plus tard, il créera le petit studio Zoonami. Hollins fut par ailleurs suivi, peu de temps après, par d'autres comme David Doak et Steve Ellis. Fondateurs de Free Radical Design (racheté début 2009 par l'Allemand Crytek, et renommé Crytek UK), ils seront essentiellement connus pour l'excellente série des TimeSplitters.

Ces nombreux départs sont majoritairement dus à des tensions internes entre les équipes des développeurs et Nintendo. Nous l'avons vu, cette « amicale rivalité » ne datait pas d'hier et de nombreuses têtes de pont, Shigeru Miyamoto en premier, reprochèrent à Rare des productions trop similaires à celles de Nintendo. Néanmoins, ils n'eurent en réalité que peu d'impact sur le développement de Perfect Dark, les possibilités voulues par les équipes étant plus bridées par les capacités techniques de la N64. Seul le design général, l'histoire et les personnages demeurant tel quel, connut un fort remaniement. Ce n'était pour autant pas les premières fois où des employés quittaient l'entreprise. En 1997 déjà, plusieurs membres des équipes de Rare étaient partis fonder le studio Eighth Wonder. Si ce nom ne vous dit rien, c'est en partie normal. La jeune boîte signa très rapidement un contrat avec Sony Computer Entertainment Europe (qui ne manqua pas de le signaler à la presse spécialisée) pour développer un certain Popcorn qui devait être une sorte de version 3D de Bomberman sur Playstation. Le jeu ne vit en réalité jamais le jour et, suite à de nombreux problèmes internes, Eighth Wonder ferma ses portes en 1999.