Si beaucoup de similitudes rapprochent l'exploration des donjons à celle des palais et des villages, il existe tout de même une différence notable. Ici, le danger règne en permanence et chaque pas doit être soigneusement mesuré et réfléchi pour ne pas être victime d'une rencontre aléatoire de trop qui pourrait mettre fin à l'aventure. Très variable comparativement à la plupart des RPG, la fréquence des combats aléatoires et le challenge proposé font que l'on n'avance jamais sereinement dans les profondeurs d'un donjon. Car même si le niveau de difficulté est loin d'être exorbitant, le nombre d'adversaires que l'on peut avoir en face de soi est tel qu'il vaut mieux ne pas prendre trop de risques. Outre les coffres et les obstacles à éviter, les seuls éléments visibles sont les boss, ce qui permet de se préparer convenablement avant d'engager l'affrontement final.

Ce que l'on ne manque pas de noter lorsqu'on pénètre dans la première caverne hostile du jeu, c'est le fait que si la perspective adoptée est la même que dans les autres environnements intérieurs, la caméra se révèle beaucoup moins libre que dans les villages par exemple. Celle-ci ne tourne plus à 360° mais plutôt à 180°, et si le tout s'avère un peu moins pratique, cela ne pose heureusement pas de problème de visibilité. Le but avoué est certainement de ne pas trop dévoiler de quoi est faite la configuration du terrain dans ces donjons qui sont souvent architecturés de façon très labyrinthique. Il n'est d'ailleurs pas rare d'errer pendant plus d'une heure dans une vaste caverne s'échelonnant sur plusieurs étages.

L'autre handicap que nous infligent les développeurs dans ces environnements, c'est l'impossibilité de faire suivre la caravane. A de rares exceptions près, comme dans le tout dernier niveau et le donjon optionnel, il faut se contenter d'un groupe constitué de quatre personnages que vous aurez toutefois la liberté de choisir. Bien sûr, mieux vaut former un groupe de combattants complémentaires, histoire de bénéficier au moins d'un bon guerrier, d'un magicien et d'un personnage capable de soigner ses coéquipiers.

Contrairement à ce que le titre de ce chapitre peut laisser entendre, les décors des donjons ne sont pas forcément ténébreux et glauques. On pénètre parfois dans des temples véritablement somptueux qu'on ne peut s'empêcher de visiter exprès à plusieurs moments de la journée. De plus, comme ces changements sont également visibles lors des combats et se traduisent par un changement d'apparence au niveau de l'arrière-plan en fonction de la luminosité, l'exploration offre un éblouissement permanent pour les yeux, surtout lorsque la scène se passe au crépuscule ou au lever du jour.

Malgré tout, ne croyez pas que la traversée d'une caverne, d'un volcan ou d'un temple maléfique soit une simple promenade de santé. Les occupants des lieux ont pris un malin plaisir à empêcher le premier venu de sortir vivant de leur demeure, et les pièges ne manquent pas. Entre les trappes, les ponts étroits qui peuvent vous faire chuter deux étages en dessous et les zones empoisonnées, mieux vaut faire attention où l'on met les pieds. De plus, les ennemis rencontrés en ces lieux sont généralement plus redoutables qu'en extérieur, mais c'est aussi l'occasion d'enrôler des monstres plus rares. Selon les lieux, on peut être amené à relever différents types d'énigmes, mais celles-ci ne sont généralement pas bien compliquées. On notera tout de même le dédale des chariots de la mine, un grand classique des RPG. Enfin, le voyageur imprudent et cupide sera puni par la présence fréquente de jarres et autres coffres piégés, communément appelés "Mimics", qui peuvent constituer de véritables plaies, même si la plupart d'entre eux finissent par céder des médailles qui vous seront d'une grande utilité pour renforcer votre équipement. Mieux vaut en tout cas ne jamais sous-estimer la taille d'un donjon, quitte à vider les lieux lorsqu'on commence à traîner plusieurs cercueils derrière soi. Fort heureusement, le héros disposera, à partir d'un certain niveau, d'un sortilège lui permettant de sortir instantanément d'un donjon, où qu'il se trouve, avant de se téléporter en un lieu sûr pour pouvoir sauvegarder tranquillement.