L'idée est improbable, et pourtant, Nicalis réunit dans Crystal Crisis les personnages de Cave Story (Quote, Curly Brace, Ballos), de 1001 Spikes (Aban, Tina, Jim Hawkins), de Code of Princess (la princesse Solange) et l'inévitable Isaac de The Binding of Isaac, auxquels s'ajoutent deux invités de luxe : Astro le petit robot ainsi que Black Jack, deux des héros les plus emblématiques de l'histoire du manga imaginés par Osamu Tezuka.

19 personnages, dont certains créés pour les besoins du jeu, seront proposés au total. Il faudra les faire s'affronter, non pas en appuyant sur un bouton pour enchaîner les coups, mais en arrangeant les gemmes de couleur qui tombent sur l'écran. Remplir la jauge "Burst" permettra notamment de déclencher des attaques puissantes après avoir enchaîné les combos. Côté contenu, des modes solo Arcade, Survival, Tag Team et Training seront embarqués, et Nicalis proposera aussi des fonctionnalités multijoueur en ligne et en local.