Inner Chains nous téléporte dans un futur lointain sur une planète isolée. Sans la présence de l'homme, la nature a évolué de façon à asismiler les technologies abandonnées, donnant naissance à des êtres bioméchaniques. Après plusieurs millions d'années d'évolution, l'être humain forme à nouveau une partie importante de l'écosystème, mais avec un niveau technologique moyenâgeux. Mais alors que les populations humaines ne parviennent pas à exploiter les technologies abandonnées, un groupe y arrive et assoit sa domination sur les autres castes, qui ne peuvent plus qu'espérer un futur plus radieux.

Nous incarnerons un habitant de ce monde, la tête encombrée par la propagande de la caste dominante, qui cherche à rejoindre un lieu mythique nommé Dernier Espoir afin de quitter une bonne fois pour toute cette planète dégénérée. Nous commencerons notre périple habité par un zèle fanatique, mais nous nous rendrons vite compte que les apparence sont trompeuses dans ce monde étrange. Attention, logique, réflexes et précision seront nécessaires pour survivre dans cet environnement hostile.