Ce n'est pas un mod, mais une application comme tu dis. C'est en fait une série de commandes rentrées dans la console du jeu changeant les paramètres des PNJ. Et ça, une fois sauvegardé, seule une commande peut y modifier à nouveau, car c'est conservé dans la sauvegarde et non les fichiers du jeu.
Deux "solutions" dans ton cas :
1: Dire adieu à ta partie actuelle et en faire une nouvelle, qui elle n'aura donc pas ces paramètres foireux.
2: Changer manuellement l'importance de tous les PNJ qui ont été modifiés. Je te souhaite bien du courage.