Bien décidé à ne pas lâcher la 2D, l'équipe de Sakamoto sort sur Gameboy Advance en 2004 Metroid Zero Mission, qui n'est autre qu'un remake annoncé du tout premier Metroid sorti sur NES en 1986. Si beaucoup de gens attendaient plutôt l'épisode Super Nintendo, cette nouvelle a ravi plus d'un nostalgique heureux de redécouvrir les premières aventures de Samus Aran.

Mais attention tout de même, Metroid Zero Mission n'est pas un simple portage. Il s'agit bien là d'un nouveau jeu à part entière, qui, même s'il reprend le background et l'environnement du premier opus, s'appuie aussi beaucoup sur les autres titres de la série (Metroid II, Super Metroid et Metroid Fusion). Tout d'abord, la planète Zebes a subi une cure de jouvence en arrivant sur GBA. Non seulement l'environnement est beaucoup plus détaillé, mais les différentes cavernes ont été remodelées dans tous les sens de façon à proposer une expérience nouvelle. Quelques cinématiques composées d'artworks viennent s'incorporer pour densifier un peu le scénario. Le résultat est réussi tant au niveau des graphismes que du gameplay, d'autant qu'on a aussi droit à des items qui n'étaient apparus que dans les opus suivants, comme le Speed Booster ou encore les Power Bombs.

De plus, le jeu ne s'arrête plus à la mort de Mother Brain. Effectivement, sans trop en raconter ici, le scénario se prolonge et propose une longue phase très étonnante où l'on contrôle Samus sans sa Power Suit. Beaucoup plus vulnérable aux attaques ennemies, c'est ici l'occasion pour la première fois dans la série d'assister à des scènes d'infiltration où il faut se la jouer Solid Snake pour ne pas déclencher d'alarme. La seule arme disponible dans cette séquence de jeu est un pistolet paralysant qui doit être utilisé avec précaution et qu'il faut recharger entre chaque tir.

Sans pour autant redéfinir la série, Metroid Zero Mission est encore une fois un très bon jeu qui ne nécessite pas d'avoir joué à l'original pour l'apprécier, même si certaines subtilités risquent de passer sous le nez du joueur néophyte. Il ne parvient sans doute pas à se hisser au niveau de Fusion ou Super Metroid, surtout à cause d'un côté « too much » dans le level design (30 passages secrets par écran…) et d'une durée de vie trop courte par rapport aux nouvelles normes malgré les rajouts. D'ailleurs, le jeu s'est beaucoup moins vendu que Metroid Fusion (pratiquement trois fois moins) alors que la critique l'a encensé à sa sortie. Il est à noter que cet épisode est le dernier en 2D de la série, sans compter le vilain portage fainéant qu'est le Metroid de la série NES Classic, qui ne se contente que d'émuler le tout premier opus, vieux de 18 ans en fin 2004.