Les figurines Mini Mario ayant remporté un tel succès, Mario décide d'étendre sa gamme et de créer d'autres modèles de figurines inspirés de Peach, Toad et DK. Là aussi le succès est au rendez-vous. Mario gagne beaucoup d'argent et se lance dans l'ouverture d'un parc d'attraction. Mais pendant l'inauguration, un drame se produit. Eperdument amoureux de Pauline, DK accepte mal que la belle préfère les figurines à l'effigie de Mario et enlève la jeune femme. Seul Mario pourra la retrouver, aidé par les Mini-Marios. Après avoir cartonné sur GBA, Mario Vs. Donkey Kong revient donc sur DS fort d'une maniabilité appropriée à la console. Les mini-Marios se contrôlent au stylet et les conduire vers la porte avant le temps imparti n'a jamais été aussi agréable. Toujours basé sur la réflexion, chaque niveau demandera une certaine logique pour acheminer toutes les figurines à bon port en se servant des interrupteurs et des autres bonus disséminés un peu partout.