Grande force de ce Fire Emblem, les fluctuations de la trame scénaristique apportent une profondeur non négligeable et surprenante pour un soft qui sous ses airs guerriers cache des océans de trouvailles et d'originalités fantastiques. Le principe est simple, bien que cruel. En fait, à l'opposé d'un FFTA très laxiste sur ce point, une fois que l'un de vos fidèles compagnons trouve la mort de manière fortuite, il vous est IMPOSSIBLE de le ressusciter. Outre le fait que cela adjoint une difficulté relativement importante au titre, cet état de fait permet aussi de provoquer une avancée alternative de l'histoire du royaume d'Elibe. Tout est déterminé en fonction de plusieurs facteurs comprenant le nombre de morts, leur identité, leur classe et leur importance dans la quête. Par exemple, si Sain meurt, bien que vous ne l'ayez plus sur le champ de bataille, il restera dans vos rangs. Mais s'il joue un rôle particulier dans la suite des événements, ceux-ci se verront modifiés plus ou moins. Mais la mort seule ne guide pas le destin des hommes.

En effet, le type de soldats présents en majorité dans vos troupes exerce également une pression sur la fatalité. A un moment du scénario d'ailleurs, la suite de l'épopée sera modifiée suivant que vous possédiez plus de magiciens ou de guerriers. Et pour finir, un troisième personnage principal aux côtés de Lyndis et de Eliwood, nommé Hector, pourra vous faire vivre une troisième aventure, à condition d'effectuer le bon geste au moment opportun. Une très bonne initiative, brisant toute forme de linéarité, et plaçant Fire Emblem sur les traces de Saga Frontier 2 et son système de descendance.