Contrairement à ce qu'affiche la section Progression du menu Pause, il y a 72 secrets à travers le jeu et non 70.

Le premier se trouve au cinquième niveau, La Vallée Des Rois, au tout début. Après être sorti de l'arcade avec des hiéroglyphes, dirigez-vous vers la droite et grimpez sur les colonnes de pierre pour vous retrouver sur un petit plateau rocheux surplombant votre point de départ. Vous y trouverez deux boites de cartouches normales, des munitions pour Uzis et une petite trousse.

Le deuxième secret "caché" est situé dans le quatorzième niveau du jeu, Le Gardien De Sémerkhet. Une fois sur les hauteurs de la salle du sphinx (c'est le chemin qui en fait le tour) avec les icônes en formes d'œil, partez sur la gauche jusqu'à trouver une ouverture dans le plafond. Grimpez dans cette salle pour y trouver trois piédestaux sur lesquels reposent une grande et une petite trousse ainsi que des cartouches normales. Toutefois, vous ne pourrez vous saisir que d'un objet sur les trois puisque l'item que vous aurez choisi fera systématiquement s'embraser les deux piédestaux portant les deux autres. Faites donc votre choix tout en vous méfiant des deux boules à pointes qui tomberont à travers les trappes blanches du plafond une fois votre choix fait. Une entre les 3 socles et l'autre au-dessus de l'ouverture par laquelle vous êtes arrivé. Par conséquent, suspendez-vous à celle-ci en rampant, pour vous éviter de sérieux problèmes.