Terminez les deux stages bonus de la machine que utilisez (dans le monde rouge : Digglett et Gengar, dans le monde bleue : Meowth et Seel). Puis quand vous attraperez trois autres pokémon et que vos aurez une chance d'en avoir un autre, vous pourez accéder au stage bonus secret de Mewtwo. Une fois dans ce stage, frappez le plus de fois Mewtwo jusqu'à ce qu'il arrète de créer des balles. Frappez-le encore trois fois pour terminer le stage. Cependant, si vous quittez le stage avant de la frappez les trois dernières fois, vous pourrez revenir et ainsi avoir plus de points.