Suivez le passage en dehors du REX, allez à droite et montez à l'échelle. Allez à gauche puis en haut et escalader l'échelle. Montez sur l'autre échelle et descendez par l'autre échelle en face. Tuez le garde après avoir avancé un peu. Continuez à avancer puis monter les escaliers.

Redescendez tout en bas et cherchez la PAL key. Si vous récupérez un objet appelé BOMB, allez dans l'inventaire et utilisez le comme une ration. Si vous n'arrivez pas à trouver la clé, shootez un rat dans l'eau et vous la trouverez sûrement.

Maintenant remontez jusqu'à la salle de contrôle et allez utiliser la clé sur l'ordinateur le plus à gauche. Après, vérifier les autres ordinateurs afin de comprendre qu'il vous faut changer la carte elle-même.

Foncez dans le warehouse et baladez-vous un peu en attendant qu'elle devienne bleue. Remontez et utilisez-la.

Retournez ensuite au Blast Furnace et utilisez la PAL key pour qu'elle devienne rouge. Allez maintenant l'utiliser dans la salle de contrôle.

L'alarme va alors se déclencher et du gaz va arriver dans la pièce. Appelez Otacon sur 141.12 et il ouvrira la porte.

Pour vaincre REX, balancez-lui une chaff grenade et tirez-lui dessus au Stinger. Au début vous ne lockerez que sur le satellite. Ensuite, que sur la cabine où se trouve Snake. Evitez tous les autres tirs et la chaff grenade va déstabiliser les missiles si vous courez pour les éviter.

Maintenant battez-vous à mains nues contre Snake. Au début, faîtes-lui une combo de trois coups. Puis, vous ne pourrez lui infliger qu'un seul coup. Ensuite il réplique avec deux coups donc reculez un peu. Vous devez le faire tomber du rebord pour le vaincre.