Juste après le point de sauvegarde, suivez le chemin pour être confronté aux premiers Metroids. Pour les détruire, il vous suffit de les geler puis de les faire exploser à l'aide de quelques missiles. Si jamais ils s'accrochent à vous, vous pouvez vous en débarrasser en posant une bombe morphing. Prenez-les un par un et continuez jusqu'à la prochaine salle de sauvegarde. Le chemin de gauche va vous mener à Mother Brain. Commencez donc par derrière chacune des barrières en envoyant un maximum de missiles dessus, puis revenez sauvegarder lorsque vous pénétrez dans la zone de lave. Vous pouvez vous recharger à partir des anneaux qui pullulent dans le couloir. Lorsque vous aurez fait le plein de vie, d'énergie, et que vous aurez détruit toutes les barrières, dirigez-vous jusqu'au bout du couloir pour affronter Mother Brain.

BOSS : Mother Brain

C'est un cauchemar d'éviter à la fois les tirs des tourelles, les nombreux anneaux et les attaques de Mother Brain. Lorsque vous aurez fait exploser le verre qui protège Mother Brain à l'aide de quelques missiles, Concentrez-vous sur l'oeil du boss qui est son point faible. Pour éviter de tomber dans la lave, la meilleure position réside dans le renfoncement situé tout à fait en haut à droite de la pièce, au-dessus de la seconde tourelle. Dès que l'oeil s'ouvre, redescendez sur la plate-forme centrale et lâchez un maximum de missiles et de super missiles sur lui avant de remonter pour esquiver son laser. Après plusieurs attaques répétées, vous finirez par en venir à bout.

Vous n'avez même pas le temps de savourer votre victoire que le son strident d'une alarme se fait entendre. Le système d'auto-destruction étant maintenant activé, vous devez vous enfuir au plus vite de la planète Zèbes. Remontez toute la zone verticale en prenant appui sur les minuscules plates-formes qui s'effondrent au bout de deux secondes, puis prenez l'ascenseur. Une fois sur Crateria, procédez de la même façon en détruisant les murs, puis glissez-vous dans votre vaisseau pour prendre la fuite. Le vaisseau finit par s'écraser et Samus échoue sur la planète Chozodia sans même son costume de puissance.