En descendant du vaisseau, vous allez être surchargé de Phazon. Appuyez sur A lorsque cela vous est demandé, vous vous retrouverez constamment en Hypermode. Attention de bien surveiller la barre jaune et à faire en sorte qu'elle ne soit jamais remplie totalement, car cela serait la mort assurée. La barre augmente d'elle-même, mais également lorsque vous prenez des dommages. Soyez donc vigilant et récoltez un maximum d'orbes d'énergie, puis profitez des structures en Phazon que vous rencontrerez pour envoyer de l'énergie avec l'hyper grappin. Maintenant, suivez le chemin jusqu'à la porte. Vous parvenez à la gorge. Sautez au niveau du secteur du dessous et envoyez votre grappin sur la masse organique bloquant le chemin. Surchargez-la de Phazon pour vous ouvrir la voie, puis sautez dans le trou révélé et continuez par la porte. A la grotte Alpha, utilisez la Boule Morphing pour passer au travers de ces tentacules en Phazon, sautez pour atteindre le rebord et trouver une structure, également en Phazon, qui bloque votre progression. Tirez un hyper missile pour la détruire, puis sautez au travers et suivez les plates-formes jusqu'à la porte. Vous voilà à l'accès de la grotte Béta. Entrez dans le tunnel pour la Boule Morphing le long du mur gauche pour parvenir dans une petite caverne. Utilisez l'Hyper Boule pour détruire toutes les protubérances autour du tunnel, ce qui détruira les obstructions. En sortant du tunnel, continuez à travers la porte, pour rejoindre la grotte Béta. Sautez sur les plates-formes jusqu'à trouver une nouvelle obstruction cristallisée. Tirez un hyper missile dessus, puis sautez en vrille à travers la caverne. Descendez grâce à quelques rebords, détruisez un nouveau groupe de cristaux et poursuivez à travers la porte.
Au tunnel de descente, changez-vous en boule pour franchir le petit trou d'en face, puis utilisez l'attaque de l'Hyper Boule pour détruire toutes les protubérances, ce qui fait exploser la masse au milieu. Ceci révèle un trou dans lequel vous pouvez sauter. Répétez cette action deux fois de plus avec les étages inférieurs pour atterrir dans la bouche d'une créature. Utilisez l'Hyper Boule pour la tuer et continuer à travers la porte. Dans la grotte Métroide, sautez dans ce secteur et faites face à une porte bizarre. Pour l'ouvrir, tirez sur les yeux qui l'entourent. Après avoir subi suffisamment de dommages, la créature sera assommée. Tirez sur la porte et franchissez-la. Une masse de Phazon bloque le passage. Ouvrez ce dernier en battant tous les ennemis pour révéler une porte et la franchir. Au puits incubateur, sautez d'abord dans le puits, puis tirez dans la bouche de cette créature jusqu'à pouvoir franchir la porte. Une fois dans le tunnel, tirez un missile sur le sol rouge pour le faire se rétracter et sautez jusqu'à la prochaine porte. Une fois à la chambre genèse, vous verrez que la grande masse organique au centre est en fait un utérus géant. Utilisez votre grappin pour tirer deux portions de chaque côté, puis activez votre viseur radioscopique pour localiser l'embryon et le bombarder de vos blasts. Changez de côté de temps à autre, puis au bout d'un certain temps, vous ferez exploser l'utérus. Une fois qu'il est détruit, approchez du grand trou pour faire enfin apparaître Samus sombre.
Boss : Samus sombre
Dans un premier temps, tirez-lui constamment dessus. Lorsqu'elle s'envole et que des bulles l'entourent, cela signifie qu'elle est en train de recharger son énergie. Tirez alors des hyper missiles pour minimiser ce regain d'énergie. Utilisez ensuite le viseur radioscopique pour localiser le réel Samus sombre parmi ses clones.
Boss : Unité Aurora 313
Tirez sur l'extrémité de ses quatre antennes pour les faire se rétracter. Une fois ceci effectué, ses récepteurs vont devenir jaunes. Tirez rapidement dessus, puis après avoir reçu suffisamment de dégâts, Aurora va être assommée. Lancez alors votre grappin sur l'écoutille au bas de l'Aurora, puis tirez pour l'ouvrir, ce qui exposera son point faible. Tirez rapidement en utilisant également vos missiles, puis répétez ce procédé jusqu'à ce que le boss s'énerve.
Boss : Tête de l'Aurora
Déplacez-vous en contournant la tête pour viser le point violet lumineux en bas à l'arrière de celle-ci. Lorsque la tête se met à tourbillonner au sol, assommez-la en tirant sur le cylindre du dessous.