Avant de commencer le jeu, rappelons les faits du premier opus. Vous avez battu un maléfice du nom de Clockwerk. Cette fois-ci vous repartez à la recherche de celui-ci car le gang de Klaww a mis la main sur des pièces de Clockwerk à des fins douteuses. Vous devrez récupérer les pièces pour mettre fin à tout ceci.
Rappel des personnages :
Sly Cooper : L'expert en vol, le personnage principal de l'aventure.
Bentley : Le cerveau, aucun système informatique ne lui résiste.
Murray : Le bulldozer, il viendra vous aider à tout moment pour des tâches difficiles.
Carmélita : Chef de la Police qui essaye de vous mettre derrière les barreaux.
Vous commencez le jeu dans une pièce assez spacieuse et au centre de celle-ci se trouve un trampoline, allez-y. Au-dessus de celui-ci, se trouve le squelette d'un animal, montez dessus puis allez à l'extrémité de la queue. Une fois au bout Sly actionnera le générateur et vous verrez Bentley. Ce dernier vous fera la voie libre, pendant qu'il désactive les lasers et vous ouvrira la porte. Une fois la porte ouverte, prenez le couloir et cassez les 2 vitrines qui se trouvent sur votre gauche et sur votre droite. Vous ramasserez des pièces. Prenez le couloir qui descend ensuite et continuez à casser les vitrines ou le mobilier pour gagner des pièces. Prenez sur votre droite et montez les escaliers, vous vous retrouverez sur un balcon. Devant vous se trouve une corde avec des étoiles turquoises. Sautez dessus et appuyez sur la "touche rond" pour rester en équilibre dessus. Une fois dessus, vous devrez atteindre un autre balcon. Restez dessus et vous passerez entre des immeubles ou des pigeons qui restent sur la corde comme perchoir. Ensuite une fois le balcon atteint, Murray n'est pas encore au rendez-vous. Montez les petits escaliers et vous verrez Murray en arrivant en trombe, il vous retiendra la porte pour que vous puissez passer. Une fois de l'autre côté, une autre corde vous attend, faites comme la précédente, sautez sur celle-ci et appuyez sur la " touche rond " Une fois sur l'autre balcon, Murray aura cassé la porte avec un objet. Une fois à l'intérieur vous ferez la connaissance de Carmélita et d'une associée Neyla qui vous accuse d'avoir volé les pièces de Clockwerk, or celles-ci n'étaient pas à l'intérieur à votre arrivée. Décidez d'être le voleur, Carmélita vous poursuit, continuez tout droit car vous ne pourrez pas tourner dans cette course poursuite, vos amis Bentley et Murray vous rejoindront. Mais à un moment donné vos chemins se séparent, ils iront vous attendre dans le camion, tandis que vous continuerez sur les toits. Prenez la première corde et allez sur le toit suivant en prenant l'autre corde. Une fois arrivé à la 3e corde celle-ci descendra vers le bas, à ce moment là le van vous attendra, montez dedans et prenez la fuite. Votre première mission est terminée.