Après avoir atterri, rejoignez le Centre Cargo (la salle centrale qui connecte les trois couloirs menant aux générateurs). Une fois à cet endroit, regardez la porte inaccessible près d'un soldat. Ressoudez ensuite le circuit à gauche de cette porte pour l'ouvrir, ce qui vous permet de continuer. Sortez par la porte de l'autre côté de cette pièce, après avoir récupéré l'expansion de missiles au bout du tunnel de gauche, dont les panneaux se rétractent. Suivez le long couloir jusqu'à la porte au bout qui vous conduit au Quai cargo B. Vous voici piégé dans cette pièce, il vous faut éliminer les ennemis dans le but de faire disparaître ces protubérances de Phazon qui libéreront ainsi une porte à cinq verrous. Franchissez-la après l'avoir ouverte, et vous trouverez une porte sur la droite qui bloque la route. Pénétrez alors dans le tunnel de gauche, puis suivez-le jusqu'à une nouvelle porte. Vous allez faire face à un nouvel Incubateur Métroid, à éliminer de la même manière que le précédent, ou alors mieux : scannez-le avec le viseur radioscopique et hop ! Visez le point faible pour le tuer d'un coup ! Après tout, pourquoi se compliquer la vie ? Après l'avoir vaincu, empruntez le tunnel révélé dans le mur. Entrez à l'intérieur par l'ouverture près de la porte et suivez-le jusqu'à une petite alcôve. Après être entré dans celle-ci, emparez-vous de la septième pile d'énergie encastrée dans le mur.

Allez maintenant récupérer une réserve de missiles supplémentaires. Au niveau du quai cargo A, repérez le circuit pour la Boule Araignée sur le côté du bâtiment ouest. Sautez vers celui-ci, et suivez-le à travers un tube. Au bout, accrochez-vous sur un autre circuit pour gagner bientôt l'expansion de missiles. Au niveau du poste de maintenance, utilisez vos missiles pour ouvrir la porte centrale, puis franchissez-la pour trouver une nouvelle expansion de missiles. Au niveau du module d'amarrage alpha, repérez l'extension de plate-forme derrière la principale. À partir de là, utilisez le grappin sur un crochet en hauteur pour récupérer une dernière expansion de missiles. Reprenez ensuite votre vaisseau pour rejoindre la planète Bryyo.