Après une rapide cinématique vous vous trouvez dans une pièce où vous êtes réanimé et où un soldat vous demande d'effectuer les gestes de base. Vous devrez tourner la tête, faites un tour complet ça suffira. Il vous informe ensuite qu'il active votre santé et vous donne la permission de sortir de votre tube cryogénique en utilisant la touche X. Une fois fait, vous vous voyez sortir, et il vous demande de vous déplacer et de le rejoindre pour faire un diagnostic, il se trouve juste un peu à droite de vous. Il vous demande de vous placer dans un petit creux rouge et de regarder cinq points jaunes placés contre le mur. Passez dessus avec le viseur pour les faire changer de couleur. Ceci fait, sortez de votre creux et allez à l'autre bout de la pièce dans un même style de bac. Regardez le soldat et un test de votre bouclier se lancera. Appuyez ensuite sur A pour continuer le test. Cette épreuve finie, un message d'alerte vous annonce que vous êtes attendu d'urgence au poste de commandement, vous n'avez donc pas le temps de finir votre entraînement (point de contrôle).
Sortez de la pièce par la gauche, le soldat vous y attend et court vers une porte qui va exploser. Vous devez retourner en arrière et sauter par dessus les tuyaux après, prenez la porte à droite, continuez tout droit, attention à l'explosion en approchant de la porte ( point de contrôle). A votre gauche, une porte semi-ouverte, baissez-vous et allez tout droit, puis prenez la premier porte à gauche, traversez le couloir en ouvrant la porte, vous verrez un Elite, reculez un peu et attendez que les soldats de gauche l'occupent, passez ensuite sans vous faire toucher à gauche puis à droite où des soldats sont en train de tirer sur des Grunts. Allez tout droit, traversez la pièce en suivant le soldat qui est là pour vous guider. Vous arrivez au poste de commandement où le capitaine Keyes vous attend. (Cinématique). A la fin de cette cinématique le capitaine vous remet un pistolet M6D : votre première arme. Sortez de la pièce par là où vous êtes entré, repartez vers la gauche puis à droite, au milieu du couloir votre arme et trois Grunts apparaissent, prenez ensuite la porte en face, vous y récupérerez votre deuxième arme : le fusil d'assaut MA5B.
Un Elite se bat contre quelques soldats, aidez-les à le tuer. Cet Elite tué, des Grunts et d'autres Elites arrivent. Tuez les tous et récupérez leurs armes si vous le souhaitez. Sortez par la porte où ils sont arrivés et allez à gauche où trois Grunts vous attendent et une trousse de médecine sera à droite de la porte. Traversez le couloir, vous arrivez derrière un Elite, éliminez-le (point de contrôle) et allez vers les soldats, puis rejoignez ceux qui se trouvent vers les nacelles de survie. La nacelle explose tuant les deux soldats, et plusieurs Grunts sortent avec deux Elites. Allez dans la nacelle de survie tout au fond se trouvent des boucliers, ressortez et allez à droite. Suivez les soldats, une porte à droite est ouverte, la pièce est dans le noir, allumez votre torche. Un Grunt vous attend, prolongez votre parcours après le point de contrôle et allez à droite où un Grunt si trouve, tuez-le et continuez dans cette direction, un Elite vous attaquera. Continuez et plusieurs Grunts et un Elite se battent contre les soldats. Prenez deux fois de suite à droite, quelques Grunts à l'intérieur du couloir vous attendent. Ramassez les cartouches puis continuez votre chemin, éliminez les ennemis se trouvant sur votre passage. Continuez et vous vous retrouverez vers une nacelle de survie, tuez tous les ennemis et à l'intérieur de cette nacelle se trouvent deux boucliers. Continuez vers une porte semi-fermée, quand vous la traverserez, plusieurs Grunts débarqueront par la gauche (il y a des médecines sur la porte de gauche et de droite au fond).
Continuez votre route (point de contrôle), vous arriverez dans une salle avec un escalier central qui est rempli d'ennemis, montez les marches et rejoignez les soldats. Poursuivez votre route ,des cartouches et une médecine vous attendent sur le sol plus loin. Vous arrivez dans un couloir avec trois nacelles fermées, tuez les Grunts plus loin et attendez que la porte grillagée s'ouvre. Prenez de suite à gauche et dirigez-vous vers la porte avec le voyant vert. Une porte coincée vous barre la route, défoncez-la avec votre arme (touche B) puis prolongez votre marche avec quelques Grunts et Elites à éliminer sur le passage. Allez au fond de la pièce où une médecine vous y attendra. Prenez la porte où elle se trouve, vous arrivez vers une pièce en feu, allez à droite puis à gauche. Vous entrez dans un couloir sombre, prenez à gauche puis à droite, sortez et allez à gauche, plein de Grunts vous y attendent, prenez ensuite la porte à gauche qui emmène vers un tunnel sombre, allez où vous voulez et rejoignez les nacelles de survie et voici la fin de ce niveau.