Le jeu fini en mode histoire, vous avez débloqué le mode "Ligue des Justiciers". Pour l'activer, allez dans la Batcave. Allez sur la gauche, puis sur le haut, et utilisez ensuite l'ordinateur de droite. Le Batcoptère surgira, choisissez votre niveau !

Il y a en tout 5 niveaux.

Le niveau 1 vous permet d'incarner les personnages suivants : Batman, Superman, Wonder Woman, Green Lantern, Flash, Green Arrow, Hawkman et Batman dans sa Super Combinaison. A la fin, vous débloquerez un personnage, Silence, aussi nommé Hush.

Le niveau 2 vous permet d'incarner les personnages suivants : Green Arrow, Superman, Wonder Woman, Green Lantern, Flash, Batman dans sa tenue furtivité, Aquaman et Black Canary. A la fin, vous débloquerez Deadstroke.

Le niveau 3 vous permet d'incarner les personnages suivants : Batman dans sa tenue électrifiée, Superman, Wonder Woman, Flash, Martian Manhunter et Hawkman. A la fin, vous débloquerez le Général Zod.

Le niveau 4 vous permet d'incarner les personnages suivants : Hawkgirl, Superman, Wonder Woman, Capitaine Marvel, Green Lantern, Martian Manhunter, Batman et Black Canary. A la fin, vous débloquerez Sinestro.

Le niveau 5 vous permet d'incarner les personnages suivants : Martian Manhunter, Wonder Woman, Hawkgirl, Cyborg, Green Lantern, Flash, Superman et Batman dans sa Super Combinaison. A la fin, vous devrez combattre Brainiac avec tous la Ligue. Vous débloquerez Brainiac.