Avancez un peu, allez sur la gauche, et rentrez dans la maison. Grimpez au niveau supérieur à l'aide d'un flip-flap, et récupérez les bonus. Vous trouverez entre autres un Glowbo. Ressortez maintenant de la maison, allez à gauche et montez le long du sentier. Rentrez dans le crâne de Mumbo, prenez les doublons en bas (obligatoire, c'est la seule monnaie acceptée), et grimpez au niveau supérieur voir Mumbo. Donnez-lui le Glowbo pour le diriger. Sortez de chez lui et allez à gauche. Approchez-vous du lagon et prenez les bonus, dont les nombreux doublons. Allez ensuite sur la petite jetée en bas et utilisez votre magie. Ramenez ensuite Mumbo chez lui. Allez ensuite dans l'auberge avec Banjo & Kazooie et demandez une chambre. Vous pourrez ainsi apprendre comment tirer des oeufs sous l'eau. Ressortez ensuite et approchez-vous du centre du village. Utilisez un oeuf explosif pour détruire la statue. Séparez alors Banjo de Kazooie et prenez le contrôle de ce dernier. Allez à gauche du lagon, avancez pour trouver une autre taupe qui vous apprendra à attaquer. Prenez les doublons à côté puis rassemblez ensuite Banjo et Kazooie, et allez chercher les derniers doublons dans la piscine près de l'auberge. Allez ensuite dans la maison en face de l'auberge et parlez au vendeur et il vous vend la pièce de puzzle. Allez ensuite vers le lagon. Sautez dedans, allez au bout pour trouver d'autres doublons, puis plongez dans le tunnel. Avancez, évitez la pieuvre et vous voici dans l'Atlantis. Avancez un peu et rentrez dans le bâtiment sur la droite. C'est le domaine des anguilles électriques, montez à la surface et passez par la petite ouverture. Vous apprendrez alors comment lancer des missiles sous-marins. Ressortez de cet endroit puis du bâtiment, et allez dans le petit tunnel juste à gauche. Vous arrivez dans une zone un peu plus calme. Prenez le Glowbo devant vous (il est caché vers le rocher) et montez au niveau de la surface. Utilisez une torpille Kazooie sur le gros poisson contenant une pièce de puzzle pour la récupérer. Rentrez dans la tente, donnez le Glowbo et transformez-vous en sous-marin. Explorez bien les lieux et participez au mini-jeu de tir pour obtenir une pièce de puzzle. Reprenez le contrôle de Banjo & Kazooie. Retournez dans l'enceinte principale de l'Atlantis, approchez-vous du grand temple et notez le code marqué au dessus de la porte et reproduisez-le sur les 4 statues situées dans l'Atlantis. Vous pouvez ainsi rentrer dans le temple. A l'intérieur, protégez le gars pendant qu'il fait ses photos et vous obtiendrez une nouvelle pièce de puzzle. Ressortez du temple, et dirigez-vous dans le tunnel menant vers le lagon. En bas se trouve un vaisseau bleu. Utilisez une torpille Kazooie pour rentrer dans le vaisseau. Tirez ensuite des oeufs de glace dans les réservoirs et la navette pourra ainsi prendre son envol. Prenez ensuite la pièce de puzzle qui se trouvait dessous. Localisez ensuite un gros poisson, c'est un peu le gardien de ces lieux, mais pas pour longtemps, approchez-vous de lui et tirez sur ses dents avec des oeufs. Rentrez ensuite dedans et vous retrouverez la femme de l'aubergiste. Délivrez-la et retournez à l'auberge, son mari vous remet une pièce de puzzle. Retournez maintenant dans l'eau et partez battre le gardien de ces lieux. Il ne présente aucune difficulté et il vous offrira une nouvelle pièce de puzzle. Ressortez maintenant du lagon et quittez cet endroit.