Durant les premières minutes, vous aurez à rester sur le train, ou du moins à proximité de ce dernier, tout en éliminant éventuellement les soldats postés le long du parcours. Si toutefois vous manquiez de munitions à ce stade, évitez donc de les gaspiller inutilement en vous laissant simplement transporter par le train jusqu'à son arrêt.
Comme on vous le demande dans le message radio, il va vous falloir vous diriger jusqu'à la tour située plus loin sur la droite pour tenter de stopper définitivement le train. Allez-y en vous frayant un chemin à travers les ennemis et en récupérant au passage quelques munitions placées ici et là, utilisez vos sauts puissants pour franchir les rochers qui mènent à la tour, puis une fois en haut de cette dernière, vous verrez malheureusement le train repartir.
Hâtez-vous de le rejoindre sans trop vous blesser en quittant la tour, puis le circuit reprendra de plus belle, avec quelques ennemis véhiculés à abattre et dont la position vous sera indiquée par O'Neill.
Au bout d'un certain temps, le train s'arrêtera à nouveau en pleine jungle et vous aurez pour objectif de protéger le conteneur. Il s'agira d'éliminer plusieurs vagues d'aliens et vous pourrez utiliser les nombreuses mitrailleuses placées à divers endroits des wagons pour y parvenir, ce qui vous permettra par ailleurs d'économiser vos propres munitions. La réelle difficulté ici résidera dans le fait de ne pas vous faire toucher par le rayon des gros aliens. Tâchez donc de rester mobile durant l'instant où ils le propagent.
Une fois le dernier monstre éliminé, le train repartira et vous aurez à rester à proximité du conteneur jusqu'à la cinématique (avancez sur le pont pour la déclencher)...